Ortaköy ilçesinin kuruluş tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Orta Asyadan gelen Türkler üç kabile halinde yöreye yerleşmişlerdir. İlçe merkezinin kuzeydoğusunda bulunan Asraköy, batısında buluna Pınarköy ve ilçe merkezini yerleşim yeri olarak seçmişlerdir. Ortaköy bu iki köyün arasında kaldığı için bu adı almıştır. Pınarköy ve Asraköy Ortaköyle birleşmiş Ortaköy'ü meydana getirmiştir.

İlçe topraklarının eski devirlerden bu yana yerleşim yeri olduğu Hitit ve Roma ve Bizans dönemlerine ait kalıntıların bulunmasından anlaşılmaktadır. Milattan sonra 1324 yılında Sivas vilayetinin Amasya sancağına bağlı olan Ortaköy nahiye teşkilatı kurulmuştur. Daha sonra Çorun ili, Mecitözü ilçesine bağlı olan nahiye,1959 tarihinde 7033 sayılı kanunla ilçe olarak Çorum iline bağlanmıştır.
İlçenin kuruluş tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Ancak bu bölgenin tarihinin eski devirlerden bu yana yerleşim yeri olduğu ilçe sınırları içersinde bulunan tarihi Hitit, huri ve Roma dönemlerine ait kalıntıların bulunmasından anlaşılmaktadır.

Yapılan kazılar sonucunda ilçenin yaklaşık 3 km. uzaklığında Hitit Devletinin önemli kentlerinden biri olan Şapinuva çıkarılmıştır. Ören yeri, Çorum'un 53km. güneydoğusundadır. Çekerek nehri etrafında yer alan Göynücek ovası ile Alaca Ovası arsındaki geçit üzerindedir. Hitit çağında hem siyasi hem de coğrafi konumu nedeniyle, stratejik bir noktada yer alan şehir, önemli bir askeri ve dini merkezdir. Ortaköy kazılarında açığa çıkan ve sayıları 4000'e ulaşan çivi yazılı tablet ve fragmanların(parça) oluşturduğu arşivde, Hatice, Hurice, Akadca yazılmış idari, askeri , dini ve fal metinleri bulunmakta olup, bunların büyük bir kısmı Orta Hitit dönemine (MÖ. 14. yy.) aittir. Buradaki yazışmalardan Taşmişarri (III. Tuthaliya) Taduhepa kraliyet ailesinin bu şehirde hüküm sürdüğü anlaşılmaktadır.

Devam eden kazı çalışmalarında bu güne kadar A binası ismi verilen anıtsal idari yapı ve B binası olarak adlandırılan ticari yapı açığa çıkarılmıştır. 1990 yılında kültür Bakanlığı izni ile Ortaköy'de kazı çalışmalarına başlanmıştır. Yapıda Hitit mimarisinin incelikleri göze çarpmaktadır. Duvarların iç ve dış yüzleri büyük düzgün taşlarla işlenmiş olup araları daha düzensiz küçük taşlarla doldurulmuştur. Temel duvarların yüksekliği yer yer 2 m.ye yakındır. Açığa çıkarılan odalar yapının bodrum katına aittir üst katlara ait kerpiç duvarlar binanın yanması sonucu çökmüştür. Bu güne kadar kazıda bulunan Hitit çivi yazısı ile yazılmış tablet ve parçaları yapının üst katına ait yıkıntılar arasında ele geçmiştir. Kazıda ayrıca Hitit çağına ait çok sayıda pişmiş topraktan çanak - çömlek, obsidyen, bazalt gibi çeşitli taşlardan yapılmış üçgen nesneler, hiyeroglif mühür baskıları, çeşitli madenlerden süs eşyası ve Roma çağı mezarlarından sikkeler, pişmiş toprak ve cam kaplar ele geçmiştir.
1995 yılından sonra B binası açığa çıkarılmıştır. Depo bölümü diyebileceğimiz içi küplerle dolu mekanın henüz bir kısmı açığa çıkarılmamıştır. Yiyecek ve içecek konulan kapların sayısı 30'u aşmaktadır. A binasının 150metre güneydoğusundaki B yapısının temellerinde düzgüm taş bloklar kullanılmıştır.iki sıra olduğu gözlenen bu temeller üzerinde 110cm genişliğinde kerpiç duvarlar vardır. Açığa çıkarılan zemin kat dışında en az bir katın daha mevcut olduğu ve yoğun kereste kullanıldığı üst kat yıkıntıları ile çöken yanmış hatıl parçalarından anlaşılmaktadır.

Bütün bunların yanı sıra ,kazılarda itinalı bir şekilde imal edilmiş olan koyu gri ,deve tüyü,kiremidi,, renkler taşıyan,iyi hamurlu ,dikkatli pişirilmiş ,günlük kap kaçak yanında ,çoğunlukla devetüyü ve kiremidi renkli ve astarlı rituel kapları önemli bir yer tutar. Çok fazla olmamakla birlikte Hitit çağı için örnek teşkil edebilecek metal malzemeler önemli buluntulardır. Bunlar Arasında ok uçları ,bronz balta ve kamayı sayabiliriz. Çeşitli boyutlardaki üçgen objeler ,altın obje ,rituel amaçlı kullanılmış olabilecek buluntulardır.ayrıca kazılarda Hitit hiyeroglif yazısı ile yazılmış mühür baskılarda bulunmuştur. Bütün bu kazı çalışmaları merkezi Ağılönü mevki olmak üzere 9km² lik alanda bir Hitit kentinin bulunduğunu göstermektedir.kentin o dönemdeki nüfusunun 25-50 bin arasında olduğu tahmin edilmektedir.

İLÇEDEKİ DİĞER TARİHİ YERLER

1-Kybele Kaya Kabartması
İlçenin ,İncesu köyüne 3km uzaklıktaki çekerek ırmağı kıyısındaki kayalara oyulmuştur.MÖ II. Yüzyıla ait Bergama heykelinin aynısıdır.

2- Akrapol
Çekerek ırmağı kıyısında ,Kybele kaya kabartmasının tam karşısındadır. Akropolde az miktarda taş kalmıştır.

3- Kayalara oyulmuş mağara
İncesu köyüne 3km uzaklıktadır. Akropolün yanında ,kabartmanın karşısındadır.kaya yaklaşık 300 metre oyulmuştur. Mağaraya 468 basamakla inilir. Sonu kapandığı için yolun nereye gittiği bilinmemektedir.

4- Hoca Sultan
Hıristiyanlığın ilk devirlerine ait bir kilise kalıntısıdır. Fakat tarihi eser kaçakçıları tarafından harap edilmiştir.

5- Kızılhamza Höyük
höyük Kızılhamza köyünde ,köyün orta yerinde binalarla çevrili vaziyette yer alır. Höyük yüzeyinden eski tunç çağı ve demir devrine ait parçalarda toplanmıştır. Höyükten kurşun bir figür ve höyüğün karşı yamaçlarında klasik çağa ait mezarlardan çıkan tam bir kap Çorum müzesine teslim edilmiştir.

6- Yuğ Höyük
ilçenin 4km güneyinde yer almaktadır. Höyük 20 metre yükseklikte ve 100 metre çapındadır. Höyük yüzeyinden bir II.bin seramiği ,demir devri ve klasik çağa ait parçalar toplanmıştır.

7- Fığla Tepesi
yuğ höyüğün kuzeybatısında ve Ortaköy'ün batısında Fığla tepesi yer alır. 250metre çapı ve 25 metre yüksekliği vardır. Bugün üstü tamamen ağaçlarla kaplıdır.üzerindeki düzlükte bir kale iç mimarisinin büyük yapılarını gösteren taş temeller gözlenmektedir.